Det oplyser ministeriet i et notat ifølge nyhedsbureauet AFP og ABC News.
– Målet med gennemgangen er at undersøge roller, processer, procedurer, ansvar og handlinger relateret til forsvarsministerens hospitalsindlæggelse.
I notatet fremgår det, at en uafhængig generalinspektør vil stå i spidsen for undersøgelsen.
70-årige Austin var indlagt i flere dage efter nytår, uden at hans nærmeste kolleger og hans øverste chef, præsident Joe Biden, kendte til det.
Ministerens sygdomsforløb var mørklagt indtil tirsdag, hvor det kom frem, at Austin var blevet behandlet for prostatakræft.
Forsvarsministeren sidder næstefter Biden i toppen af det amerikanske militærs kommandovej.
Dermed kræver hans jobmæssige forpligtelser, at han er tilgængelig med øjeblikkelig varsel til at tage sig af diverse nationale kriser.
Det gælder blandt andet, at Austin altid skal være i stand til at indgå i sikker kommunikation med andre højtstående amerikanske ledere – eksempelvis i tilfælde af et potentielt atomangreb.
Medlemmer af Det Republikanske Parti – heriblandt præsidentkandidaten Donald Trump – kræver, at Austin enten trækker sig eller bliver fyret som forsvarsminister, fordi han var indlagt i flere dage uden Bidens vidende.
/ritzau/